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2018-10-30

“图卢兹癌症康复”基金会、法国国家健康与医学研究所及皮尔法伯研究所,在法国图卢兹大学癌症研究所设立首个致力于肿瘤免疫学研究的肿瘤生物信息学教席。

“图卢兹癌症康复”基金会(THE ‘TOULOUSE CANCER SANTÉ’ FOUNDATION)致力于癌症的医学研究,并自 2006 年 5 月起,被法国政府确认为公益基金会。

图卢兹癌症研究中心(CRCT)是一个联合研究机构,汇集了 Inserm 与图卢兹第三大学(University of Toulouse III-Paul Sabatier)的研究力量,由 20 个团队组成,其中 4 个团队获得了 CNRS (法国国家科学研究中心)的认可。

法国图卢兹大学癌症研究所(IUCT-Oncopole)是一家约有 300 张病床的医院,专门为肿瘤病人开设,整合了图卢兹大学医院与克劳迪乌斯-雷格德研究所(癌症中心)的研究力量。

作为图卢兹大学癌症研究所的长期合作伙伴,皮尔法伯实验室主要致力于肿瘤药物的研究及开发。

 

“图卢兹癌症康复”基金会、Inserm 及皮尔法伯研究所是图卢兹 大学癌症研究所的三大研究机构,设立了首个致力于肿瘤免疫学研究的肿瘤生物信息学教席。他们任命物理学家和系统生物学专家 Vera Pancaldi 领导这个项目,她于 2018 年 9 月 3 日在图卢兹癌症研究中心(CRCT)出任 Inserm 的这一职务。除目前发起的倡议外,Inserm驻 CRCT 团队、图卢兹大学癌症研究所(IUCT-Oncopole)与皮尔法伯的总体战略是加强肿瘤研究的公私合作伙伴关系。

学界与业界共建

肿瘤生物信息学教席的设立,将把“图卢兹癌症康复”基金会、Inserm 及皮尔法伯研究所(PFRI)团结在一起,以便在图卢兹大学癌症研究所就肿瘤免疫学研究及医药转化方面进行为期 5 年的学界与业界合作。

根据谅解备忘录及教席协议,皮尔法伯研究所及“图卢兹癌症康复”基金会,将在未来五年各自出资 100万欧元(每年 20 万欧元)。该教席将与位于图卢兹大学癌症研究所 Inserm 大楼内的 CRCT 团队整合在一起,CRCT将提供技术平台,并为项目出资 33.5 万欧元。

该教席将由三方科学委员会管理,每年至少举行一次会议。其成员两名来自 PFRI,两名代表 Inserm,还有两名由“图卢兹癌症康复”基金会委派。

合作以生物信息专业知识为核心

教席教授将由 Vera Pancaldi 担任,她是一位国际公认的专门从事生物信息学和系统生物学研究的研究员。她目前在巴塞罗那超算中心(BSC)生命科学系计算生物学组从事细胞异质性与 3D 基因组架构研究。

设立教席的目的是,以生物信息学领域的领军人物为代表, 推动 CRCT 实现成为肿瘤数据管理专家中心的目标。所以,Vera Pancaldi 的首个任务将是组建一个由五名生物信息专家组成的团队(硕士及博士级别),以便在快速发展的学科建立人才库。

另一个积极方面是,她在动态合作中将发挥关键作用,并将处于 CRCT、IUCT-Oncopole 与 PFRI 之间交流的中心位置。Vera Pancaldi 也可使用 CRCT 的技术平台,特别是她从事研究所需的生物信息设施,还可查阅医院医生收集的病患数据。她也将直接与皮尔法伯的生物信息专家合作。

该教席有着非常具体的研究方法,其目的是加快新药朝着个性化医疗方向发展的步伐。所以,CRCT 与 IUCT-Oncopole 优先在以下两个领域开展合作:进行数据收集和分析,以便更好地选择治疗方法和为内部项目构建数字串;识别可能成为未来生物标志物或治疗靶的新基因。

为合作增加活力

此外,教席将积极参与科研活动、发表著作、推广 CRCT,并为把图卢兹大学癌症研究所提升到世界顶级水平,吸引来自世界各地人才做出努力。

作为教席教授,Vera Pancaldi 的工作表现为两个方面。

首先,她仍将继续在巴塞罗那超算中心(BSC)的生命科学系工作,该中心有一台欧洲最强大的超级计算机之一,叫做“Mare Nostrum”。大数据研究是 BSC 的特长领域之一。她在未来面临的一项挑战是与图卢兹大学癌症研究所的计算机科学家和数学家一道探索利用深度学习及人工智能技术。

另一方面,她将为图卢兹大学癌症研究所的社交网络动态注入新的动力。因为从现在起,Vera Pancaldi 将以图卢兹为大本营为“剑桥网”网络带来创新动力,她于 2011 年创建该网,现在汇集了 400 名对网络研究感兴趣的人士。

这些优势将围绕图卢兹大学癌症研究所的教席形成完整的生态系统和人才库。从这个角度来说,Vera Pancaldi 的到来,只是皮尔法伯与图卢兹大学癌症研究所学界及私营机构合作的第一步,而未来的目标是以开放创新精神加速产业合作。

“公私合作中的大数据挖掘”

皮尔法伯研发部转化医学主任 Alexandre Passioukov

“大数据挖掘已经成为生物医学领域创新的主要源泉。对于学术界和制药业而言均是如此。生物信息学专家 Vera Pancaldi 所推动的雄心勃勃的项目与我们在肿瘤学领域的研发工作有着明显的协同效应。实际上,识别应答标志物和发现新的治疗靶,总会涉及分析对现有疗法具有抗拒性的大量“生物组学”数据。因此,我们很高兴与 CRCT 和“图卢兹癌症康复”基金会共同启动为期5年的项目。在该项目之后,基于皮尔法伯与图卢兹大学癌症研究所建立的战略联盟,我们还将会有其他后续的合作举措。

“将技术专长引入大数据挖掘”

Gilles Favre,科学总监、图卢兹大学 Oncopole 癌症研究所(IUCT-Oncopole)肿瘤医学生物实验室主任、法国西南部癌症研究集群的主任,和图卢兹癌症研究中心(CRCT)(Inserm/图卢兹第三大学联合研究机构兼 CNRS 下属研究团队)主任

“随着肿瘤学中应用基因组学大数据的兴起,Vera Pancaldi 正在把大数据分析新技术带到 CRCT。  我们有 22000 个基因,我们能够对其进行全部测序。我们也能知道它们的表达。这相当于通过我们的平台发送数万条信息,产生了巨量的数据。在研究中,Vera Pancaldi 将会从 CRCT 的单细胞基因组及单细胞转录分析中受益。我们会提供湿实验室,供她收集和分析细胞及进行分子生物学研究,也会提供干实验室以便用电脑存储和管理数据。在她的研究过程中,她将与图卢兹校园的计算机科学家及数学家合作,进一步构建学习算法(深度学习、人工智能)。”

“提高在商界的知名度和开放性”

François Amalric,“图卢兹癌症康复”基金会执行董事

“ 对于‘图卢兹癌症康复’基金会来说,随着国际知名数据专家的到来,设立此教席就已经意味着成功了,教席旨在使这个机构转变为一流的研究中心。研发生物信息学的专业知识的同时,与业界建立合作关系将是未来的挑战。教席将增强我们研究项目的知名度,并提高对商界的开放程度。” 

“我的研究重点将是肿瘤的异质性”

Vera Pancaldi, 肿瘤生物信息学教席主持人 

除了在生物信息学领域的前沿专业知识外,Vera Pancaldi 的卓越之处是她的国际影响力,以及她对当前免疫肿瘤学研究挑战的应变能力。在获得复杂系统物理学博士学位后,她开始在威康信托桑格研究所 Bähler 教授的实验室从事裂殖酵母功能基因组相关工作,并此后在英国伦敦大学学院工作。 “对我来说,没有比生物体更加复杂的系统,” 她说。她继续在剑桥大学 Baulcombe 教授的团队以博士后研究员的身份进行植物表观学研究。六年前,她决定在癌症研究中进行新的冒险,接受个性化医疗的挑战。她获得了 FEBS 的批准,加入了位于西班牙马德里的 CNIO(国家癌症研究中心)的结构生物学与生物计算小组。“我基于分子数据,进行了肿瘤生长的数学建模研究,”她说。“我还开始参与欧洲表观基因组研究项目 BLUEPRINT,该项目旨在表征健康受试者不同血细胞的表观基因组。”这些经历,使她去年取得了当前在巴塞罗那超级计算中心(BSC)生命科学系计算生物组研究员的职位,在这里她进行了细胞异质性及 3D 基因组构架研究。她将继续同 BSC 合作,并继续参与 Bioinfo4Women(女性生物信息)项目。她之前在复杂系统和表观遗传学方面的研究多次得到同行的认可与好评。

2018 年 9 月 3 日,Vera Pancaldi 出任肿瘤生物信息学非常具有声望的教席教授一职,该职位由“图卢兹癌症康复”基金会、Inserm 与 PFRI 共同设立。“我将把重点放在研究肿瘤的异质性上,办法是在微环境下模拟肿瘤演变,”她表示。“理解免疫系统怎样与肿瘤相互作用也是一项挑战。”在此领域,Vera Pancaldi 将与 Inserm 的研究主任兼 CRCT 的团队领导 Pierre Cordelier 合作,后者已在开展开创性的研究工作,其目标是在单细胞水平表征胰腺肿瘤细胞,特别是激发对这些肿瘤的免疫反应。由于对现有的治疗方法具有很高的抗拒力,胰腺肿瘤仍然是严重的公共健康问题。“CRCT 的先进技术让在单细胞水平上研究肿瘤来检查各种现象成为现实。”她补充道。

她总结说:“这一新职位还促进我与 CRCT 成员进行其他合作,并向外部拓展该中心在靶向疗法领域的公私合作网络。”